西暦２９７７年、高度に成長した文明と繁栄に酔いしれた人類は怠惰な平和をむさぼっていた。そんなある日、宇宙のどこからか日本のある地域に巨大なペナントがうちこまれた。人々は、これを最近出没している宇宙海賊のしわざだと考えた。しかし、それは違っていた。大ペナントは未知の宇宙人が地球侵略の目標として打ち込んだ電波灯標であった。そしてこのことに気付いた人間が二人いた。一人は科学者・台羽博士そして、もう一人は宇宙海賊キャプテン・ハーロックであった。が、その途端、台羽博士が殺害されてしまう。殺したのは無論、ペナントを打ち込んだマゾーンの女王ラフレシア…地球の危機を確信したハーロックはマゾーン宇宙艦隊との戦闘を開始する。一方、台羽博士の息子・正はハーロックとともに戦うことを決意し、アルカディア号に乗り込む。
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